Обычно подобные вопросы то ли к кадровому отделу, то ли к бухгалтерии в части учета персонала и зарплаты.

Имел основную занятость там-то, с учетом контрактов для другой организации.
Потом перенес основную занятость с трудовой книжкой во вторую организацию, продолжая работать в первой организации в качестве совместительства.
Но это не суть, просто для описания общей картины.

Суть: в определенной организации, где имел основную занятость, я в какой-то день увольняюсь, следующим днем устраиваюсь туда же на совместительство. Каков будет стаж, например, для больничных. С начала работы в этой организации, или со срока переустройства.